Turbomole
Programmbeschreibung
Turbomole ist ein leistungsstarkes quantenchemisches Programmpaket
zur Berechnung der elektronischen Struktur molekularer Systeme mit ab initio
Methoden.
Entwickelt wurde das Programmpaket in der Quantenchemie Gruppe der Theoretischen
Chemie an der Universität Karlsruhe.
Der Vertrieb dieses Programms erfolgt über die Firma
COSMOlogic .
Turbomole ist modular aufgebaut und stellt eine Reihe von Tools zur
Datenvor- und -aufbereitung zur Verfügung.
Einige Programmteile sind MPI-parallelisiert, d.h. diese quantenchemischen Berechnungen
können parallel ausgeführt werden.
Rechnerplattformen
Am RZ der TUHH ist das Programmpaket Turbomole auf dem HPC-Cluster
verfügbar.
Verwendung von Turbomole
- serielle Berechnungen
- Für das Arbeiten mit Turbomole müssen einige Umgebungsvariablen
gesetzt werden.
Dieses geschieht mit dem Kommando:
module load turbomole
- parallele Berechnungen
- In Turbomole wurden die wichtigsten Module MPI-parallelisiert, d.h. diese
Berechnungen können auf mehreren Prozessoren durchgeführt werden.
In der Version 5.8 sind die folgenden Programmpakete parallelisiert:
DSCF, GRAD, RIDFT, RDGRAD, MPGRAD und RICC2.
- Für die Durchführung paralleler Turbomole-Berechnungen werden die
benötigten Umgebungsvariablen mit dem Kommando
module load turbomole.mpi
gesetzt.
- Mit der Umgebungsvariablen PARNODES wird die Anzahl der parallelen
Prozesse festgelegt. Standardmäßig wird PARNODES auf zwei gesetzt.
- Besonders große Modelle
- Der Maximalwert einiger Parameter ist in Turbomole
festgelegt, siehe Diskussion im Turbomole-Forum.Version 5.10 ist daher auch in der
Huge-Variante installiert, die Executables sind mit der Endung _huge markiert.
Laut Turbomole-Forum sind die Beschränkungen wie folgt
| parameter | default version | huge version |
| atoms | 700 | 1400 |
| basis functions | 10000 | 21000 |
| shells | 6000 | 16000 |
- Zusätzliche Programme, installiert auf Hali und SGI Altix
- TmoleX, GUI ab (oder nur für?) Turbomole Version 5.9.1, siehe
Cosmologics Seite zu TmoleX.
- calculate (Versionen 2.06 und 2.1)
- MoleControl 1.6, Pythonsskripte zur Kontrolle von
Turbomole-Läufen
Dokumentation
