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Turbomole

Programmbeschreibung

Turbomole ist ein leistungsstarkes quantenchemisches Programmpaket zur Berechnung der elektronischen Struktur molekularer Systeme mit ab initio Methoden. Entwickelt wurde das Programmpaket in der Quantenchemie Gruppe der Theoretischen Chemie an der Universität Karlsruhe. Der Vertrieb dieses Programms erfolgt über die Firma COSMOlogic . Turbomole ist modular aufgebaut und stellt eine Reihe von Tools zur Datenvor- und -aufbereitung zur Verfügung. Einige Programmteile sind MPI-parallelisiert, d.h. diese quantenchemischen Berechnungen können parallel ausgeführt werden.

Rechnerplattformen

Am RZ der TUHH ist das Programmpaket Turbomole auf dem HPC-Cluster verfügbar.

Verwendung von Turbomole

  • serielle Berechnungen
    • Für das Arbeiten mit Turbomole müssen einige Umgebungsvariablen gesetzt werden.
      Dieses geschieht mit dem Kommando:
      module load turbomole

  • parallele Berechnungen
    • In Turbomole wurden die wichtigsten Module MPI-parallelisiert, d.h. diese Berechnungen können auf mehreren Prozessoren durchgeführt werden. In der Version 5.8 sind die folgenden Programmpakete parallelisiert: DSCF, GRAD, RIDFT, RDGRAD, MPGRAD und RICC2.
    • Für die Durchführung paralleler Turbomole-Berechnungen werden die benötigten Umgebungsvariablen mit dem Kommando
      module load turbomole.mpi
      gesetzt.
    • Mit der Umgebungsvariablen PARNODES wird die Anzahl der parallelen Prozesse festgelegt. Standardmäßig wird PARNODES auf zwei gesetzt.

  • Besonders große Modelle
    • Der Maximalwert einiger Parameter ist in Turbomole festgelegt, siehe Diskussion im Turbomole-Forum.Version 5.10 ist daher auch in der Huge-Variante installiert, die Executables sind mit der Endung _huge markiert. Laut Turbomole-Forum sind die Beschränkungen wie folgt

      parameter default version huge version
      atoms 700 1400
      basis functions 10000 21000
      shells 6000 16000

  • Zusätzliche Programme, installiert auf Hali und SGI Altix
    • TmoleX, GUI ab (oder nur für?) Turbomole Version 5.9.1, siehe Cosmologics Seite zu TmoleX.
    • calculate (Versionen 2.06 und 2.1)
    • MoleControl 1.6, Pythonsskripte zur Kontrolle von Turbomole-Läufen

Dokumentation