Das Institut für Systemverfahrenstechnik trägt erst seit Mai 2020 seinen heutigen Namen.
Ursprünglich wurde es unter dem Namen "Institut für Prozess- und Anlagentechnik" im Jahr 1985, also bereits sieben Jahre nach Gründung der damals noch als Technische Universität Hamburg-Harburg geführten TUHH gegründet. Nachdem das Institut zu Beginn von Univ.-Prof. Dr.-Ing. Eberhard Futterer geleitet wurde, übernahm 1991 Prof. Dr.-Ing. habil Dr. h.c. Günther Gruhn die Leitung des Institutes, bevor dieses von 2003 bis 2020 zuletzt durch Prof. Dr-Ing. Georg Fieg geleitet wurde. In dieser Zeit konnte das Institut sich mit Forschungsarbeiten im Bereich innovativer Verfahren zur Wärmeintegration, sowie integrierten reaktiven Trennverfahren zur Intensivierung chemischer und biotechnologischer Prozesse international etablieren. Insbesondere konnten wegweisende Arbeiten im Bereich der chemisch und biochemisch katalysierten reaktiven Trennwandkolonnen erzielt werden.
Seit April 2020 leitet Prof. Dr.-Ing. Mirko Skiborowski das Institut. Mit seiner Berufung erfolgt neben der wesentlichen Wahrung der wissenschaftlichen und didaktischen Kontinuität, eine gewisse Erweiterung der Forschungsaktivitäten. Insbesondere die Themengebiete der Prozesssynthese, sowie die Simulation und Optimierung von Fließbildern sind wesentliche Eckpfeiler, die allen bisherigen Institutsleitern gemein sind. Neben der Weiterentwicklung energieeffizienter und reaktiver Trennprozesse stellt insbesondere die Entwicklung hybrider Prozesse und die simultane Optimierung von Prozess- und Hilfsstoffen ein wesentliches Forschungsgebiet des Institutes dar. Hierbei fokussieren sich die Arbeiten auf die experimentelle und modellbasierte Entwicklung innovativer Prozesskonzepte, sowie die Entwicklung effizienter und systematischer Methoden zur Synthese und Optimierung konkurrierender Prozessalternativen, um kosteneffiziente und nachhaltige Lösungen für die chemische und biochemische Industrie zu ermöglichen.