Neben der reinen Bildgenerierung (Abbildungsverfahren) können Elektronenmikroskope aufgrund der verschiedenartigen Wechselwirkungsprozesse des Elektronenstrahls mit dem Probenmaterial auch für die Beantwortung diverser analytischer Fragestellungen genutzt werden, wie zum Beispiel der Bestimmung der Elementzusammensetzung der Probe, ihrer Kristallstruktur, etc. Die Kombination verschiedener Methoden kann in Verbindung mit leistungsfähigen Rechnern auch dazu genutzt werden 3D Modelle der Probenstruktur, bzw. einzelner Probenphasen zu generieren.